Medicinski fakultet u Mostaru godišnje upisuje 60 studenata na Studiju medicine i 30 studenata na Studiju dentalne medicine, a nastava je od prvog dana organizirana blokovski. Na Medicinskom fakultetu studenti se školuju za zvanje liječnika opće medicine,odnosno za liječnika osposobljenog za poslove primarne zdravstvene zaštite. Studij medicine traje 6 godina,što je jednako trajanju studija u gotovo svim drugim europskim zemaljama.
Temeljne medicinske znanosti (anatomija, histologija, fiziologija, biokemija i druge) studenti uče u prve dvije godine i dijelom u trećoj godini. Primjenom suvremenih udžbenika i nastavne tehnologije te odabirom nastavnika koji su eksperti u svome području nastoje sa studentima prikazati i demonstrirati najsuvremenije spoznaje u pojedinim disciplinama. Već u prvoj godini studenti se upoznaju s osnovama znanstvene metodologije, statistike i medicinske informatike. Predviđa se da svake godine, tijekom ljetnih praznika, najbolji studenti borave i rade mjesec dana u renomiranim znanstvenim laboratorijima, na fakultetima, klinikama ili u drugim znanstvenim i stručnim institucijama izvan Mostara.Iako prava nastava kliničkih predmeta počinje od četvrte godine studenti se već od prve godine upoznaju s osnovama kliničke medicine. U drugoj i trećoj godini studenti se upoznaju s načinima pregleda bolesnika i psihološkom pristupu bolesniku (medicinska psihologija i klinička propedeutika). Prava klinička nastava zbiva se u četvrtoj i petoj godini koja se, kao i na većini fakulteta, temelji na izobrazbi studenata na bolničkom odjelu, uz bolesnika, to je tzv.klinički rad (engl. clinical clerkship), a taj se oblik nastave često naziva turnusna nastava, što nije najbolji naziv.
Studenti borave i rade na pojedinim kliničkim (bolničkim) odjelima više tjedana. Uz organiziranu nastavu (predavanja, seminari) studenti veći dio vremena provode na odjelu, pri čemu prate bolesnika u svim fazama njegove obrade. Pod nadzorom liječnika student se vježba u uzimanju povjesti bolesti, pregledu bolesnika i osnovnim liječničkim intervencijama, a upoznaje se s dijagnostičkim postupcima i odgovornošću liječnika.Nakon završetka nastave i rada na pojedinom odjelu student nastavlja rad na drugom odjelu (tzv. kliničke rotacije), dok tijekom dvije godine ne obiđe sve odjele.
Nakon završena studija student stječe zvanje doktora medicine. Dekanat Medicinskog fakulteta u Mostaru i nastavni prostori za prve tri godine studija smješteni su na Bijelom Brijegu u krugu Kliničke bolnice Mostar a 4,5 i 6 godine studija se održava na odjelima KB Mostar.
Fakultet raspolaže sa dvije moderne opremljene kompjutorske učionice koje se aktivno koriste u nastavne svrhe. Amfiteatar ima 250 mjesta i opremljen je audiovizualnom, računalnom i komunikacijskom opremom koja omogućuje kvalitetan dvosmjeran prenos zvučnog i video signala za potrebe videokonferencija i predavanja na daljinu (TeleConference Room). Moderno opremljena knjižnica sa određenim brojem kompjutora i slobodnim pristupom na internet,omogućava studentima medicine direktan pristup mnogobrojnim medicinskim bazama podataka,kao i online pomagalima pri studiranju. Dobra suradnja sa najcjenjenijim Medicinskim fakultetima u Europi i Americi omogućuje našim studentima redovitu razmjenu.